您当前所在位置: 首页 > 学术研究 > 生物信息学 > 正文

【回顾2015】临床中的测序应用之癌症篇

日期:2015-12-29 10:32:50 来源:中华王中王最新医学网 作者:来源:测序中国 点击:

   编者按:肿瘤是以细胞异常增殖为特点的一大类疾病,常在机体局部形成肿块。有些肿瘤生长迅速,侵袭性强,可以从原发部位播散到身体其他部位,对人体的危害大,医学上称为恶性肿瘤,即平时所说的癌症。肿瘤形成是一个十分复杂的过程,从本质上来说是一种基因病。无论是先天遗传还是后天影响,肿瘤相关基因或其产物的异常是肿瘤发生的分子基础。测序君为大家盘点了2015年已发表的基因检测应用在癌症领域的研究文献,供大家查阅。
消化系统
《PNAS》:天津医科大学、德克萨斯大学MD安德森癌症中心及加州大学圣地亚哥分校等处的研究人员绘制出了中国人群胃癌的突变图谱,并探讨了其对预后和治疗的意义,为推动胃癌的个体化治疗及开发出新的临床治疗方法指明了方向。
Mutational landscape of gastric adenocarcinoma in Chinese: Implications for prognosis and therapy
http://seq.cn/portal.php?mod=view&aid=15745
《Nature》:澳大利亚和英国的科学家们利用全基因组测序技术,对100个胰腺癌基因组进行了最深入的分析,并着重介绍了未来可能有助于指导患者治疗的4个亚型。
Whole genomes redefine the mutational landscape of pancreatic cancer
http://seq.cn/portal.php?mod=view&aid=16550
《AJHG》:山西医科大学、深圳华大基因研究所、中国医学科学院北京协和医院等10多家机构的研究人员采用全基因组测序(WGS)及全外显子组测序(WES)的方法,揭示出了食管鳞状细胞癌的一些突变标签和频繁突变的基因。
Genomic Analyses Reveal Mutational Signatures and Frequently Altered Genes in Esophageal Squamous Cell Carcinoma
http://seq.cn/portal.php?mod=view&aid=17309
《Cell》:国外研究人员利用来自20名大肠癌患者的肿瘤组织,培育出了22个类器官,并随后对从这些培养物中分离的基因组DNA进行了测序。这些类器官培养物中的遗传突变与对应肿瘤活组织标本中的突变高度匹配,并与以往大规模的大肠癌突变分析结果相一致。
Prospective derivation of a living organoid biobank of colorectal cancer patients. Cell. DOI: 10.1016/j.cell.2015.03.053
http://seq.cn/portal.php?mod=view&aid=17484
生殖系统和乳腺疾病
《Nature Communications》:Garvan研究所的研究人员使用甲基化特异性测序技术MBDCap-SEQ,在19个三阴性[雌激素受体、孕激素受体及人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达均为阴性]乳腺癌患者的活检样品和6个对照样品中,确定了其甲基化差异,这些差异可能具有预后价值。
Methylome sequencing in triple-negative breast cancer reveals distinct methylation clusters with prognostic value
http://seq.cn/portal.php?mod=view&aid=16258
《PLOS Genetics》:北京大学与中国农业大学合作,采用全外显子组测序解析了家族性乳腺癌的遗传原因。研究报道称,RECQL是一个潜在的乳腺癌易感基因,RECQL基因的胚系突变与乳腺癌易感性相关。
Mutations in RECQL Gene Are Associated with Predisposition to Breast Cancer
http://seq.cn/portal.php?mod=view&aid=17487
《Nature Genetics》:南卡罗来纳医科大学、南加州大学Keck医学院在内的一个大型国际团队开展了一项全基因组关联研究(GWAS),研究人员因此发现了与卵巢粘液性肿瘤(MOCs)相关的三个基因变异,首次提供了这种类型卵巢癌遗传易感性的证据。
Genome-wide significant risk associations for mucinous ovarian carcinoma
http://seq.cn/portal.php?mod=view&aid=17728
《EBio Medicine》:先后发表了两篇文章,解析了研究人员找到预防乳腺癌、卵巢癌的新策略,有望取代手术治疗。
第一篇文章中,Widschwendter教授和他的同事们发现,携带BRCA1或BRCA2基因突变的女性血液中护骨素(OPG)含量比较低。护骨素(OPG)的功能为,负调控引发乳腺癌相关的蛋白RANKL。研究人员推测,模拟OPG功能或者抑制孕激素的药物,可以降低患乳腺癌的风险。
第二篇文章中,南加州大学凯克医学院的Louis Dubeau教授和他的同事们研发出一个新的老鼠模型,让研究人员更容易检查月经周期对预测乳腺癌和卵巢癌风险的影响。
Osteoprotegerin (OPG), The Endogenous Inhibitor of Receptor Activator of NF-κB Ligand (RANKL), is Dysregulated in BRCA Mutation Carriers. Ying Liu, et al. EBio Medicine. 2015
A Mouse Model That Reproduces the Developmental Pathways and Site Specificity of the Cancers Associated With the Human BRCA1 Mutation Carrier State. Martin Widschwendter, et al.EBio Medicine. 2015
http://seq.cn/portal.php?mod=view&aid=18481
《Nature Communications》:科学家使用全外显子组测序,研究了42例睾丸癌患者的肿瘤标本,发现了可能有助于这种癌症发展的一些新的染色体重复和其他异常。
Whole-exome sequencing reveals the mutational spectrum of testicular germ cell tumours
http://seq.cn/portal.php?mod=view&aid=16588
内分泌系统
《Cell Research》:复旦大学附属华山医院和上海交通大学的研究团队利用全外显子测序技术,对12例垂体促肾上腺皮质激素(ATCH)分泌型垂体瘤样本进行全景式基因变异扫描,发现在其中的8例样本中显示出USP8基因突变。
Recurrent gain-of-function USP8 mutations in Cushing's disease. Zeng-Yi Ma, et al. Cell Research (2015) 25:306–317.
http://seq.cn/portal.php?mod=view&aid=18976
呼吸系统
《Nature Genetics》:得克萨斯大学西南医学中心的研究人员利用外显子测序技术,对接近100个具有年龄相关的家族性肺纤维化患者进行了测序,确定了PARN和RTEL1突变与该疾病的发生有关。
Exome sequencing links mutations in PARN and RTEL1 with familial pulmonary fibrosis and telomere shortening
http://seq.cn/portal.php?mod=view&aid=17323
《Ebiomedicine》:南京大学的研究人员招募了来自中国和美国的438名参与者,利用高通量的Taqman低密度miRNA芯片技术结合qRT-PCR,在中国非小细胞肺癌病人样本中成功发现了5种血清miRNA在病人体内显著增加,随后在一个美国队列中进行了验证。
A Five-miRNA Panel Identified from a Multicentric Case-control Study Serves as a Novel Diagnostic Tool for Ethnically Diverse Non-small-cell Lung Cancer Patients
http://seq.cn/portal.php?mod=view&aid=18212
《Nature》:科隆大学领导的国际研究小组对110个小细胞肺癌(SCLC)样本进行了测序,发现除了两个样本外,其余所有样本均包含失活的TP53和RB1基因。
Comprehensive genomic profiles of small cell lung cancer
http://seq.cn/portal.php?mod=view&aid=17920
淋巴造血系统
《The Journal of Clinical Oncology》:伦敦癌症研究中心的研究人员利用基因测序,分析了463名骨髓瘤Ⅺ期病患的基因,共鉴定出与骨髓瘤相关联的15个基因突变位点。有9个基因位点可用于检测骨髓瘤,让潜在患病可能性的病者受益于及早预防和治疗。
Mutational Spectrum, Copy Number Changes, and Outcome: Results of a Sequencing Study of Patients With Newly Diagnosed Myeloma
http://seq.cn/portal.php?mod=view&aid=18231
《The New England Journal of Medicine》:美国和日本的研究小组综合利用外显子组测序、靶向测序和基于芯片的核型分析,研究了400多名患者血液样本的体细胞突变图谱。通过这些数据,研究人员在近一半的样本中发现造血细胞克隆的扩增。
Somatic Mutations and Clonal Hematopoiesis in Aplastic Anemia. N Engl J Med 2015; 373: 35-47. July 2, 2015. DOI: 10.1056/NEJMoa1414799
http://seq.cn/portal.php?mod=view&aid=18087
头颈部肿瘤
《Nature》:癌症基因组图谱计划(TCGA)的科学家们进行了迄今为止最全面的头颈癌基因组测序研究。该研究揭示了人乳头瘤病毒和抽烟对头颈癌的影响,并比较了头颈癌与其它癌症的异同。
Comprehensive genomic characterization of head and neck squamous cell carcinomas. Cancer Genome Atlas Network. Nature. 2015 Jan 29.
http://seq.cn/portal.php?mod=view&aid=16054
皮肤肿瘤
《Cell》:德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员通过分析从331名患者处获得的样本,根据突变情况定义了4个黑色素瘤亚型:BRAF、RAS、NF1和Triple-WT。该项研究是癌症基因组图谱计划(TCGA)的一个组成部分。
Genomic Classification of Cutaneous Melanoma
http://seq.cn/portal.php?mod=view&aid=17773
肿瘤易感基因研究
《Nature Genetics》:美国斯坦